危危岛宝箱线索的获取需要结合地形解密与任务指引。首先需前往危危岛附近的礁石区域，在任务菜单中追踪四礁觅宝记任务，跟随指引抵达目标位置。在礁石洞穴内击碎巨型碎石后可发现普通宝箱，开启后获得航路留书作为初始线索。该线索会引导玩家前往下一处标记地点，通过开启另一个普通宝箱获取赤穗秘宝所藏·其三的后续线索。此过程中需注意洞穴内假墙的破除，部分宝箱隐藏在被沙石遮挡的路径后方。
解密环节的核心在于元素方碑与星图机关的联动。危危岛分为新旧两种形态，通过激活中央水占盘切换。旧形态下需优先点亮风元素方碑生成风场，借助风场升至高空观察星图，并按星象连接地面星引机关，完成解密后可获得珍贵宝箱。新形态下则需按火、风、冰、水的固定顺序激活四座元素方碑，触发时空隧道后进入浮空平台，此处藏有华丽宝箱与星光凝核。两种形态的切换是解锁全宝箱的关键，部分机关需在特定天气（如雾天）下才能触发。
在雾天环境中，冰元素方碑被激活后会显现三种梦形生物（猪、鹤、狐），需分别引导至指定位置：猪需引导两次至山上，鹤一次，狐三次至海边。压力机关的解密需结合空中星图，例如左→右→中→左→右的踩踏顺序对应星盘亮点。部分宝箱隐藏在幻灵行进终点，如跟随灵鹤可发现转化为四个火炬的宝箱，需用火元素角色全部点燃。
危危岛共有8个星光凝核，部分需通过星象壁画解密获取。在遗迹顶层交付凝核可解锁华丽宝箱，随后出现的新凝核会引导玩家至高空平台，开启第二个华丽宝箱。需注意凝核的交付需在特定形态下完成，且部分凝核隐藏在悬浮建筑或星图解密后的宝箱内。完成全收集后，玩家可通过水占盘反复切换形态查漏补缺。
