玩家可以捕捉多种强大的神兽，这些神兽分布在游戏的不同区域，需要满足特定条件才能遇到。三神鸟是游戏中最经典的神兽，包括火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟。火焰鸟位于1号岛的灯火山顶，闪电鸟藏在无人发电厂最深处，而急冻鸟需要前往双子岛推石头堵住瀑布才能见到。这些神兽等级较高，建议提前准备好克制属性的宝可梦和足够的精灵球。
除了三神鸟，超梦是游戏中另一只强力神兽，它隐藏在超梦山洞的最深处。捕捉超梦需要先击败四大天王并获得全国图鉴，之后前往华蓝洞窟。洞窟内地形复杂，需要携带会冲浪和攀瀑技能的宝可梦。超梦的等级高达70级，拥有极强的超能力属性，建议使用恶系或虫系技能进行克制。梦幻也可以在红莲岛的特定建筑物内遇到，但需要先获得秘密钥匙。
游戏后期还可以捕捉到洛奇亚和凤凰，它们分别位于3号岛右边的草丛和1号岛下方的草丛中。洛奇亚是超能力加飞行系神兽，等级约80级，建议使用岩石系或电系技能对抗。凤凰则是火加飞行系，等级同样较高。这两只神兽的出现概率较低，需要玩家耐心在草丛中反复寻找。雪拉比可以在3号岛左边的森林中遇到，而吉拉奇则隐藏在幽灵塔的最顶端。
三神柱也是游戏中值得收集的神兽，包括岩神柱、冰神柱和钢神柱。岩神柱位于岛1上方的草地里，冰神柱在双子岛，钢神柱则出现在无人发电站。捕捉它们需要先解开特定的机关，例如在双子岛滑冰场按照特定路线滑行才能遇到冰神柱。三神柱的防御力极高，建议使用克制属性的技能削弱其体力后再尝试捕捉。
海皇牙需要在双子岛使用钓竿钓得，而古拉顿则隐藏在1号岛火焰山的地下。这两只神兽的属性分别为水和地面，建议携带草系或水系宝可梦应对。天空之龙则出现在冠军之路的第二层，等级较高且拥有强大的龙系技能，是游戏后期的重要挑战目标。
