三周目作为游戏后期内容的核心阶段，其攻略逻辑建立在完成前两周目主线剧情的基础上，主要围绕神奥地区探索、世界锦标赛挑战以及传说宝可梦捕捉三大模块展开。进入三周目的前提条件通常需要玩家在对战开拓区获得银象征，随后亚希达会提供世界锦标赛传票，这是触发后续剧情的关键节点。神奥地区的道馆挑战采用6选3的强制50级对战规则，且敌方阵容会根据玩家选择的宝可梦属性实时调整，这种动态对抗机制要求玩家提前规划队伍配置与技能搭配。
世界锦标赛的挑战难度显著提升，对手阵容以满级宝可梦为主，例如真司的队伍包含姆克鹰、卡璞鳍鳍等高强度宝可梦。战斗策略上，推荐优先使用顺风控速或Z技能爆发输出的组合，例如风妖精开顺风后接伊布Z珍藏的接棒战术能有效压制敌方节奏。神奥船票的获取需击败锦标赛对手，此后玩家可前往神奥地区捕捉创世神碎片关联的传说宝可梦。这一阶段的战斗不仅考验玩家对属性克制的理解，还需灵活应对NPC的智能换宠机制。
神奥地区的探索包含多个隐藏要素，例如黑金市矿场的岩石石板、苑之镇的树果商店以及伙伴公园的历代御三家收集。宝可梦的捕捉与培养需结合特性与技能池，例如复制特性的拉鲁拉丝可用于侦查敌方特性，而察觉特性的大尾立则适合道具偷取。神柱类宝可梦的捕捉通常需要特定条件，如雷吉洛克需在暮水镇潜水并使用碎岩技能开启遗迹。这些设计增加了探索的深度，但也要求玩家对地图机制有充分认知。
最终阶段的攻略重点转向传说宝可梦的收服与石板收集。天冠山顶部需集齐17块石板才能进入时空裂缝，而每块石板的获取方式各异，例如龙之石板位于龙族禁地，妖精石板需通过天冠山特定路线取得。战斗方面，梅丽莎等道馆馆主的阵容包含玛夏多、武道熊师等高威胁宝可梦，需依赖羽栖回复和头盔反伤等细节操作。三周目的复杂性体现在其多维度的挑战设计，玩家需综合运用战术思维与资源管理能力才能高效推进。
